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[건설부동산] 농지전용허가를 받고 5년이 지난 후 다른 목적으로 사용하려고 하는 경우 농지보전부담금을 부과할 수 있는지 여부

- 대법원 2024. 7. 25. 선고 2024두38575 판결 작성자 : 김현우 변호사 1. 사실관계 소외 A는 농지인 파주시 소재 토지에 공장을 신축하여 목재 보존업 등을 하는 사업을 창업하기 위하여, 구 중소기업창업 지원법(2016. 1. 27. 법률 제13868호로 개정되기 전의 것) 제33조에 따른 사업계획승인을 신청하여 2015. 12. 18. 승인을 받았습니다. 이처럼 사업계획승인을 받을 당시에 구 중소기업창업 지원법 제35조 제1항에 따라 농지의 전용허가에 대한 협의가 이루어져 농지의 전용허가를 받은 것으로 의제되었고, A는 같은 법 제39조의3 제1항 제1호에 따라 농지보전부담금을 면제받았습니다. 구 중소기업창업 지원법 제39조의3(부담금의 면제) 제1항 제1호에서는 농지법에 따른 농지보전부담금을 같은 법 제33조에 따라 사업계획의 승인을 받은 창업자에 대하여는 사업을 개시한 날부터 5년 동안 농지보전부담금을 면제해주도록 규정하고 있었습니다(현행법에서는 제23조에서 공장 설립계획의 승인을 받은 창업기업에 대하여는 사업을 개시한 날부터 7년 동안 부담금을 면제해주고 있습니다). 이후 A는 위 토지에 이 사건 공장건물을 건축하여 2016. 9. 1. 건축물대장에 신규등록을 마쳤고, 2017. 2. 1. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제16조에 따라 공장등록을 마쳤습니다.  한편, 위 토지는 다른 공장용지와 합병되었다가 다시 2개 토지로 분할되었는데, 각각의 분할된 토지가 A로부터 이 사건 원고들에게 매도되어 각각 소유권이전등기가 경료되었습니다.  그리고 원고들은 2021. 12. 17.경 ‘창업공장’ 부지에서 ‘창고시설’ 또는 ‘일반공장’ 부지로 용도변경에 대한 승인을 받았습니다.  이에 이 사건 피고 파주시장으로부터 농지보전부담금 부과 및 수납 업무를 위탁받은 피고 소송참가인 한국농어촌공사는, 2021. 12.경 원고들이 농지보전부담금이 면제되는 시설의 부지로 전용된 토지를 그 전용목적이 완료된 날인 위 공장등록일(2017. 2. 1.)로부터 5년 이내에 농지보전부담금 감면비율이 다른 시설의 부지로 사용하려고 한다는 이유로 원고들에게 농지법 제40조 제2항에 따라 농지보전부담금을 내라고 고지하는 이 사건 처분을 하였습니다.   2. 쟁점 농지법 제40조(용도변경의 승인) 제1항에서는 ‘다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 절차를 거쳐 농지전용 목적사업에 사용되고 있거나 사용된 토지를 대통령령으로 정하는 기간 이내에 다른 목적으로 사용하려는 경우에는 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 시장·군수 또는 자치구청장의 승인을 받아야 한다.’고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제59조 제1항에서는 ‘법 제40조 제1항에서 대통령령으로 정하는 기간이란 5년을 말한다.’고 하고 있으며, 제2항에서는 ‘제1항에 따른 기간은 해당 시설물의 준공검사필증을 교부한 날 또는 건축물대장에 등재된 날, 그 밖의 농지의 전용목적이 완료된 날부터 기산한다.’고 규정하고 있습니다.  이에 따라서 ‘준공검사필증 교부일 또는 그 시설물이 건축물대장에 등재된 날로부터 5년이 지난 경우’라면 농지전용부담금을 낼 필요성이 없는 것인지, 아니면 준공검사필증 교부일 또는 그 시설물이 건축물대장에 등재된 날로부터 5년이 지난 경우이면서 동시에 실질적으로도 농지의 전용목적이 완료되었다고 볼 수 있는지 여부가 문제되었습니다.  건축물대장에 등재된 날은 2016. 9. 1.이고, 공장등록을 마친 것은 2017. 2. 1.이어서, 원고들이 부지의 용도변경에 대한 승인을 받은 2021. 12. 17.경은 건축물대장 등재일로부터 5년은 경과하였으나, 공장등록을 마친 날로부터 5년은 경과하지 아니하였기 때문에, 피고측은 이를 문제삼았던 것입니다.  3. 원심 판결   원심 판결은, 원고들이 이 사건 공장이 건축물대장에 등재된 날로부터 5년이 지나 이 사건 각 토지를 양수하고 용도변경에 대한 승인을 받았으므로 농지보전부담금 납부의무를 부담하지 않는다고 판단하였습니다.  즉, 원고들은 이 사건 공장건물이 건축물대장에 등재된 2016. 9. 1.로부터 5년이 경과한 후에 위 각 토지를 취득하였으므로 농지법 제40조 제2항에 의한 농지보전부담금을 낼 의무가 없다는 것입니다.  4. 대법원 판결  이에 대하여 대법원은 아래와 같이 판시하였습니다. 『농지법 제40조 제1항은 농지전용허가를 거쳐 농지전용 목적사업에 사용되고 있거나 사용된 토지를 대통령령으로 정하는 기간 이내에 다른 목적으로 사용하려는 경우에는 관할관청의 승인을 받아야 한다.”고 규정하고, 제2항은 “제1항에 따라 승인을 받아야 하는 자 중 농지보전부담금이 감면되는 시설의 부지로 전용된 토지를 농지보전부담금 감면 비율이 다른 시설의 부지로 사용하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그에 해당하는 농지보전부담금을 내야 한다.”라고 규정한다.「농지법 시행령」 제59조 제1항은 “법 제40조 제1항에서 ‘대통령령으로 정하는 기간’이란 5년을 말한다.”라고 규정하고, 제2항은 “제1항에 따른 기간은 해당 시설물의 준공검사필증을 교부한 날 또는 건축물대장에 등재된 날, 그 밖의 농지의 전용목적이 완료된 날부터 기산한다.”라고 규정한다.  위 규정에 의하면, 농지를 어떤 시설물의 부지로 사용할 목적으로 농지전용허가를 받고 그 시설물의 준공검사필증 교부일 또는 그 시설물이 건축물대장에 등재된 날로부터 5년이 지난 경우에는 이를 위 목적과 다른 목적으로 사용하려고 하더라도 농지법 제40조 제2항에 의한 농지보전부담금을 낼 의무가 없고, 이와 별도로 농지의 전용목적이 실질적으로 완료되었는지를 따져볼 필요는 없다. 이유는 다음과 같다.  농지보전부담금에 관한 법률의 해석에 관하여, 그 부과요건은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2022. 12. 29. 선고 2022다218585 판결 참조).  위 각 규정의 문언 및 체계상 「농지법 시행령」제59조 제2항의 ‘해당 시설물’은 농지법 제40조 제2항의 ‘시설’, 즉 농지전용허가를 받은 토지가 부지로 사용되고 있는 시설을 의미하는 것이 분명하다. 「농지법 시행령」 제59조 제2항에서 해당 시설물의 ‘준공검사필증을 교부한 날’ 또는 ‘건축물대장에 등재된 날’은 ‘그 밖의 농지의 전용목적이 완료된 날’의 예시라고 보는 것이 문맥과 체계상 자연스럽고, 위 조항을 준공검사필증이 교부되거나 건축물대장에 등재된 경우에도 농지의 전용목적이 실질적으로 완료될 것을 요구하여 이에 대한 별도의 심사를 해야 하는 것으로 해석하기는 어렵다.  또한 농지 위에 시설물이 건축되어 준공검사필증이 교부되거나 건축물대장에 등재가 이루어졌다면, 이미 그 농지는 사실상 원상회복이 어려울 정도로 농지로서의 기능을 상실하였고 그 시설물의 부지로서 농지전용 목적사업에 사용되고 있다고 볼 수도 있다.』 5. 판결의 의의 위와 같은 대법원 판결은 아래와 같은 의의가 있으므로, 실무상 참고하시기 바랍니다.  ① 부과 고지는 한국농어촌공사가 하였으나, 행정소송은 파주시장을 상대로 제기해야 한다는 점 위 대법원 판결을 통하여, 대법원 2018. 10. 25. 선고 2018두43095 판결의 법리에 따라 한국농어촌공사가 대행자로서 농지보전부담금의 납부통지를 하였더라도, 이에 대한 행정소송의 피고는 한국농어촌공사가 아니라 농지보전부담금의 부과결정을 한 파주시장을 상대로 소송을 제기하여야 한다는 점을 알 수 있습니다.  (참고판결) 대법원 2018. 10. 25. 선고 2018두43095 판결 「이러한 사실관계를 앞서 본 관계 법령 및 법리에 따라 살펴보면, 피고 농림축산식품부장관이 2016. 5. 12. 원고에 대하여 농지보전부담금 부과처분을 한다는 의사표시가 담긴 2016. 6. 20.자 납부통지서를 수납업무 대행자인 피고 한국농어촌공사가 원고에게 전달함으로써, 이 사건 농지보전부담금 부과처분은 성립요건과 효력 발생요건을 모두 갖추게 되었다(대법원 2017. 4. 13. 선고 2015두36331 판결 참조). 나아가 피고 한국농어촌공사가 ‘피고 농림축산식품부장관의 대행자’ 지위에서 위와 같은 납부통지를 하였음을 분명하게 밝힌 이상, 피고 농림축산식품부장관이 이 사건 농지보전부담금 부과처분을 외부적으로 자신의 명의로 행한 행정청으로서 항고소송의 피고가 되어야 하고, 단순한 대행자에 불과한 피고 한국농어촌공사를 피고로 삼을 수는 없다.」 ② 농지의 전용목적이 실질적으로 완료될 필요성이 있는지 여부 이 사건에서 농지의 전용목적이 ‘실질적으로 완료되었는지 여부’를 심사할 필요가 없이 건축물대장 등재일로부터 5년이 경과하면 농지전용부담금을 부과할 수 있다는 점을 명시적으로 인정하였다는 점에서 의미가 있는 판결입니다.