(주)○○는 대주주인 발명자에게 직무발명보상금으로 13억여 원을 지급한 후 이 중 7억여 원에 대하여 조세특례제한법에 따른 세액공제를 받았으나 국세청이 세액공제를 부인하고 2006년 및 2007년분 7억여 원의 과세처분을 하였고, 원고는 행정소송을 제기하여 1심 승소, 2심 패소 후 대법원에 상고하였는 바, 2013년 초 원고 (주)○○는 상고심(대법원 2013두2655)을 의뢰하였고 2013. 6. 27. 대법원 판결이 선고되었습니다.
이 사건은, 직무발명보상금 관련 세액공제의 문제이나, 직무발명제도에서의 3대 문제인 ① 직무발명 해당 여부, ② 직무발명보상금의 크기, ③ 직무발명의 귀속(발명자주의) 등의 문제와 결합된 사례입니다.
특히, 대주주에게 13억 여원의 직무발명보상금이 지급된 점에 대하여 국세청은 세법 관점에서 접근하여 세액공제가 부당하다고 보았으나, 직무발명보상금은 발명의욕을 고취하기 위하여 정당한 보상(적지 않은 보상 - 큰 금액이어서 문제로 되는 경우는 없는 제도)을 지급하여야 한다는 발명진흥법의 관점에서는 세액공제는 문제될 것이 없다는 점이 쟁점이었습니다.
이 사건은 직무발명보상금의 지급이 연구개발비의 지급으로 인정되어 세액이 공제되는 제도의 존재 가치를 입증한 사례로서, 위 제도는 기업의 비용 절감 및 수익 증대, 근로자 발명자의 발명의욕 고취, 훌륭한 연구개발성과 취득 등으로 이어지는 선순환 구조와 노사 상생의 효과로 파급될 수 있을 것으로 기대됩니다.